建设项目跟踪审计是指对建设项目进行事前、事中和事后全过程审计，与竣工结算审计相比，其可更好的促进完善建设项目管理，提高投资效益。但也会带来一定的审计风险主要是：来自廉政风险与质量风险两方面。因此，在识别跟踪审计风险的基础上，防范审计风险必须从廉政、质量这两方面入手。
1、防范审计廉政风险，倡廉先行，建立廉政风险控制体系，建立健全的制度和严格的监督保障机制。要经常定期不定期的进行倡廉教育，使审计人员树立正确的人生观、价值观、荣辱观以及知法、懂法进而守法，使审计人员在跟踪审计中紧绷廉政神经，拒绝诱惑。
2、准确把握跟踪审计定位，谨防越位和错位。在跟踪审计时，审计人员频繁介入项目的各个环节，在制度上对审计内容必须作出明确的界定，审计实施中尤其应与建设单位进行充分沟通，在款项支付、物资采购等过程中，严防审计越位，审计发现的问题应及时与管理方反映，不应直接进行干涉，防止产生利益冲突，导致审计的客观性受损，保证审计的性。
3、加强审计人员的业务能力。建设项目跟踪审计涉及项目论证、设计、招投标、施工、监理等各个环节，需要审计人员不仅具备较宽的知识面，还要有丰富的实践经验。因此要经常组织审计人员进行相关的业务培训，使审计人员的业务能力也不断得到加强。
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