超出的部分要交耕地补偿费用。国土资源部《关于进一步加快宅基地使用权登记发证工作的通知的第三条第三款是这样规定的:严格执行宅基地面积标准,宅基地面积不得超过省(区、市)规定的标准,对宅基地超占面积的,在办理登记时按下列情况处理:
1、1982年《村镇建房管理条例》实施前,农村村民建房占用的宅基地,在《村镇建房用地管理条例》实施后至今未扩大用地面积的,可以按现有实际使用面积进行登记。
2、1982年《村镇建房用地管理条例》实施起至1987年《中华人民共和国土地管理法》实施时止,农村村民建房占用的宅基地,超过当地规定的面积标准的,超过部分按当时国家和地方有关规定处理后,可以按实际使用面积进行登记。
3、1987年《中华人民共和国土地管理法》实施后,农村村民建房占用的宅基地,超过当地规定的面积标准的,按照实际批准面积进行登记。其面积超过各地规定标准的,可在土地登记簿和土地权利证书记事栏内注明超过标准的面积,待以后分户建房或现有房屋拆迁、改建、翻建、政府依法实施规划重新建设时,按有关规定做出处理,并按照各地规定的面积标准重新进行登记。
4、如确有证据证明该村民的宅基地面积超过标准,该村民多占的面积即是非法占用土地。村委会可根据实际情况,采取适当的措施。有条件返还的,可以要求其返还,或者由村委会征收超占部分面积的有偿使用费,也可在土地登记簿和土地权利证书记事栏内注明超过标准的面积,待以后分户建房或现有房屋拆迁、改建、翻建、政府依法实施规划重新建设时,按规定面积标准重新确定使用权,其超过部分退还集体。《村镇建房管理条例》第九条社员建房用地,由省级人民政府根据山区、丘陵、平原、牧区、城效、集镇等不同情况,分别规定用地限额,县级人民政府根据省级人民政府规定的用地限额,结合当地的人均耕地、家庭副业、民族习俗、计划生育等情况,规定宅基地面积标准。