我们公司有一块自己的土地，但是该土地的只有不动产证没有土地证在实际运营中会不会遇到什么样的麻烦？

只要土地权属清楚、合法有效，可办理不动产权证书
不动产证没有土地证 不用担心，原登记机构核发的房屋所有权证继续有效，不动产统一登记后，对于开发商没有按购房合同约定给房屋所有权人办理《国有土地使用证》的，经核实权属清楚、合法有效，房屋所有权人可以按规定程序申请办理不动产登记事项。