网络公司兼并保护员工权益的方式有：
1、原有劳动合同关系不变、保障员工的就业岗位；
2、或者订立新的劳动合同、提交员工工资待遇；
3、公司兼并的债务由合并后的公司承担，不要求员工负担。《中华人民共和国公司法》第一百七十三条规定，公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。第一百七十四条规定，公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司继承。
法律依据
《中华人民共和国公司法》第一百七十三条公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。第一百七十四条公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。
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