民法典仲裁机构是否能够确认无争议合同的效力

结论：能。
解析：
依据我国仲裁法的规定，合同约定了仲裁条款的，仲裁机构有权确认无争议合同的效力。依据我国相关法律的规定，仲裁庭有权确认合同的效力，所以仲裁是可以确认合同无效的，并且仲裁协议是独立存在的，合同就更不影响仲裁协议的效力。
法律依据：
《仲裁法》第四条
当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。