1、被制裁的行为性质不同。
行政处罚制裁的是公民、法人或其他组织违反法律、法规的行为;行政处分制裁的则是针对行政机关工作人员的违法失职行为。行政处罚是行政机关的外部行政行为;行政处分则是行政机关的内部行政行为。
2、实施的主体不同。行政处罚是由享有行政处罚权的主体作出，这些主体具有对外管理的职权，其行政处罚权已由法律法规明确规定。而行政处分是由受处分公务员所在的行政机关，或上级行政机关，或行政监察机关作出的，也就是说，一般的行政机关都具有对公务员的行政处分权。
3、制裁的对象不同。
行政处罚制裁的对象是违反行政法律规范的公民、法人或其他组织，与行政处罚的决定者和实施者只存在管理与被管理的普通行政关系;而行政处分制裁的对象仅限于行政机关内部的公务员，与行政处分的决定者和实施者只存在一种基于行政组织关系所产生的领导与被领导的关系。
4、制裁的形式不同。
行政处罚的种类是《行政处罚法》规定的，包括以下几类：警告、罚款、责令停产停业、暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销营业执照、没收非法财物、没收违法所得、行政拘留，各种行政机关能够作出哪些种类的行政处罚权力是不同的，需要根据法律的规定执行。而行政处分的形式，根据国务院《关于国家行政机关工作人员的奖惩暂行规定》，共有：警告、记过、记大过、降级、降职、撤职、开除留用察看和开除等8种，每个行政机关都可以行使这8种形式的行政处分。监察机关的监察处分形式有6种：警告、记过、记大过、降级、降职、撤职。
5、救济的途径不同。
行政处罚的救济途径是行政复议、行政诉讼及行政赔偿;行政处分的救济途径是向上一级行政机关或行政监察机关申诉。
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