朋友最近因为要生孩子，想要申请产假，想请问产假期间自己支付代理工资还是公司代替支付

这个规定是违法的，可以向劳动监察部门投诉举报。女职工休产假是带薪休假，根本不需要再找什么代理，即便是找了代理，工资也是由用人单位支付。
　　《女职工劳动保护特别规定》
　　第七条　女职工生育享受98天产假，其中产前可以休假15天；难产的，增加产假15天；生育多胞胎的，每多生育1个婴儿，增加产假15天第八条　女职工产假期间的生育津贴，对已经参加生育保险的，按照用人单位上年度职工月平均工资的标准由生育保险基金支付；对未参加生育保险的，按照女职工产假前工资的标准由用人单位支付。
　　第八条  女职工生育或者流产的医疗费用，按照生育保险规定的项目和标准，对已经参加生育保险的，由生育保险基金支付；对未参加生育保险的，产假期间自己支付代理工资由用人单位支付