单位制度中旷工一天扣三天工资算是克扣工资吗？

结论：是。
解析：
根据《中华人民共和国工资支付暂行规定》，旷工一天扣三天工资不合法。
旷工当天，用人单位可以不支付工资，除了给用人单位造成了经济损失外，不得额外扣工资的。
法律依据：
《工资支付暂行规定》第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。