赔偿大于本金的协议合法吗

解析：
按照《中华人民共和国民法典》的相关规定，未尽事宜属于可能违反法律法规的范畴并具有一定风险性请您谨慎操作，合同中约定的违约金若超过了贷款本金，那么这样的安排显然不合乎法律规定，属于违约金过高的情形。
在这种情况下，当事人有权提出申请，请求降低过高的违约金。
此外，当事人还可以在合同中约定，当一方出现违约行为时，应依据具体的违约情况向另一方支付相应金额的违约金；
或者约定因违约而导致的损失赔偿额的计算方式。
法律依据：
《民法典》第五百八十五条??当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。