申请仲裁后公司告我自动离职怎么办

解析：
在绝大多数情况下，当事人都有权亲自前往其所在用人单位所属地区的劳动争议仲裁委员会提交劳动仲裁申请；
万一对劳动仲裁的裁决结果心存疑虑，可直接向上诉法院提起民事诉讼。
假设方未履行原劳动仲裁所决定的责任和义务的话，他们便可行使申请强制执行之权。
法律依据：
《劳动争议调解仲裁法》第二十八条
申请人申请仲裁应当提交书面仲裁申请，并按照被申请人人数提交副本。
仲裁申请书应当载明下列事项：
（一）劳动者的姓名、性别、年龄、职业、工作单位和住所，用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务；
（二）仲裁请求和所根据的事实、理由；
（三）证据和证据来源、证人姓名和住所。
书写仲裁申请确有困难的，可以口头申请，由劳动争议仲裁委员会记入笔录，并告知对方当事人。