商品房预售合同中补充协议是否合法

解析：
商品房的补充协议本身并不违反任何法律条款。
在双方均为自愿且无被迫的情况下签订，协议的内容也必须遵守所有适用的法律和规章制度，这样便可确保该协议具备足够的法律效应。
根据相关的法律条款，合法成立的合同自其成立之时起即刻生效。
然而，对于那些需要依据行政法规进行核准或者登记等手续才能生效的合同而言，则需按照相关规定予以落实。
除此之外，当事人还可以对合同的效力设定附加条件。
对于附有生效条件的合同来说，只有当所设定的条件得到满足之后，才会正式生效。
而对于附有解除条件的合同来说，一旦条件得以实现，那么该合同将自动失效。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》第五百零二条
依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。
依照法律、行政法规
合同应当办理批准等手续的，依照其规定。
未办理批准等手续影响合同生效的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。
应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的，对方可以请求其承担违反该义务的责任。
依照法律、行政法规
合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的，适用前款规定。
第一百五十八条
民事法律行为可以附条件，但是根据其性质不得附条件的除外。
附生效条件的民事法律行为，自条件成就时生效。
附解除条件的民事法律行为，自条件成就时失效。
第一百六十条
民事法律行为可以附期限，但是根据其性质不得附期限的除外。
附生效期限的民事法律行为，自期限届至时生效。
附终止期限的民事法律行为，自期限届满时失效。