仅盖有项目章的索赔协议有效吗

赋予其合法效力是完全可行的。鉴于建筑企业所承担的施工项目数量庞大且分布广泛，更考虑到这些项目的实施地点往往并不位于建筑企业总部所在的同一地理区域，在此种情形之下，若建筑企业尚未在相应项目所在地成立分公司，为了实现公司运营上的便利，项目管理部门所签署的合同无疑具备充分的法律效益和资格。

解析：
在实践中，这确实是具有法律效力的。鉴于建筑企业通常涉及众多繁散的施工项目，这些项目又往往分布在远离其总部所在地点的其他地区。因此，当在某些特定情形下，建筑公司未能在各个项目所在地设立分支机构时，为了便于开展业务运营，采用项目管理部门所开具的公章来签订合同便成了可行之举。
法律依据：
《民法典》第四百九十条当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。