首先,家庭承包地使用流转的协议是有效的。根据《农村土地承包经营权流转管理办法》第二十一条规定,承包方流转农村土地承包经营权,应当与受让方在协商一致的基础上签订书面流转合同。 农村土地承包经营权流转合同一式四份,流转双方各执一份,发包方和乡(镇)人民政府农村土地承包管理部门各备案一份。 流转合同的备案制度不同于登记制度,既然登记都不是流转合同生效的条件,备案制度更不能成为合同生效的必要条件。土地权利的变动依当事人的意思表示而产生法律效力,交易完成,土地权利即发生转移,当事人可以登记;也可以不登记,但不登记的,其权利不得对抗善意第三人。当前,我国的农村土地承包经营权登记制度尚不健全,而农户家要求土地承包经营权流转必须登记,既不现实,也不可能。从物权公示的必要性来讲,由于流转的范围都是当地附近的农民,互相比较熟悉,登记的必要性也不大。此外,如果采取登记生效主义,大量的登记费用无疑会加重农民的负担。而备案制度从公示、公信的角度来看,具有与登记相类似的功能,既然登记都不能成为合同是否生效的条件,备案制度更不能成为判断合同是否有效的必要条件。 因此,您与乙方是在真实意思表示下签订协议,且经过村委会盖章见证,故流转协议合法有效。
其次,针对上述情况您可以要求村委会出面进行调解,要求对方配合办理相关手续。如果一方不出面配合处理纠纷,那么可以按照你们签订的流转协议约定要求乙方承担违约责任。
最后,虽然乙方并不是业主,且其户主并不知情,但是其不得对抗善意第三人。因此,该流转协议是有效的。