员工离职交接不清会涉及诉讼时效问题。普通诉讼时效是三年,从权利人知道或应当知道权利受损害以及义务人之日起算。像交接后发现重要文件缺失损害公司权益,就从发现时开始计算诉讼时效。特殊情形下有不同规定,若公司离职时明确要求员工限期完成交接并约定了具体期限,诉讼时效从该期限届满之日起算。对于劳动争议,申请仲裁的时效期间是一年,从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。所以在时效期间内主张自己权利很重要,不然可能面临时效抗辩,权益难以获法律支持。比如员工离职交接后,公司过了很久才发现重要文件缺失,若超过三年才起诉,可能因超过诉讼时效,其诉求无法得到法院支持;若是劳动争议,超过一年申请仲裁,同样可能无法维护自身权益。因此,无论是公司还是员工,都要重视时效问题,及时主张自己权利。