合同纠纷的诉讼时效仍应遵循此规定,从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。合同是否有效由人民法院通过判决或仲裁机构通过裁决确认,一方在起诉时合同效力并不确定,一方或双方也无权自行确定。因此当事人只能按照合同约定的期限主张权利,时效期间应从约定的履行期限届满之次日起计算。如企业之间的借款合同虽然无效,但时效的起算只能以约定的还款期限届满之次日为准,不能以银行款项借出之次日开始计算,也不能以出借人主张权利被借款人拒绝之次日开始计算,更不能以法院或仲裁机构确认合同无效之次日开始计算。
实践中不乏当事人在合同被确认无效之前不知道合同无效,确认合同效力诉讼时效因此仍期待合同履行而没有及时提出返还或赔偿的请求,此时权利人不知也不应当知道权利受到损害,时效期间不应开始计算。