人民法院处理农村土地补偿款分配纠纷时,不能轻易否定农村集体组织的分配方案,更不能直接代替农村集体组织作出分配决定。因为,农村集体组织是依法成立的村民自治组织,代表村民管理集体的财产,是村民集体意志的体现。所以,农村集体组织按照民主议定的原则,征收土地补偿款分配纠纷经过村民会议或村民代表大会讨论通过而作出的分配决定或方案,只要不违反法律和行政法规的禁止性规定,不与法律、法规和政策相抵触的,人民法院应当尊重集体组织的自治权。如果农村集体组织的分配原则、办法、决定和方案有侵害村民合法权益的,人民法院应当予以纠正,依法作出公正合理的判决。