我前几天才和一家新公司签订了劳动合同算是刚入职，但是前几天人事找我签订了一份保密协议，里面有一条关于违约金的约定。请问保薪协议违约金约定是否合法？

这要看具体情况，严格从《劳动合同法》解读，服务期协议和竞业限制协议两种情形才可以约定违约金，未约定竞业限制条款的保密协议不可以约定违约金。
法律依据
一：《劳动合同法》第二十三条规定：用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。 对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。根据该条规定，《劳动合同法》仅规定了竞业限制才能约定违约金，或者在保密协议中约定竞业限制条款才可以约定违约金，而对于保密协议，劳动合同法仅规定可以“约定保守用人单位商业秘密和知识产权相关的保密事项”，并未明文规定可以约定违约金。
法律依据
二：《劳动合同法》第二十五条规定：除本法第二十二条和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。根据该规定，其立法本意应该是排除性规定，而且该规定在在性质上应属于禁止性规定条款，逻辑上应该是一个强调性条款，是在禁止除二十二条提供专业技术培训前提下的服务期协议约定违约金、竞业限制条款前提下签订保密协议约定违约金两种情形外，其他一律不得设定违约金，也即禁止保密协议未约定竞业限制条款的情形下约定违约金。

约定违约金的情况是合法的。劳动合同法：
第二十三条用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。但是这里的问题是违约金远远高于了正常数额《民法通则》第五十九条“一方有权请求人民法院或者仲裁机关予以变更或者撤销：
（二）显失公平。”《民通意见》第72条“一方当事人利用优势或者利用对方没有经验，致使双方的权利义务明显违反公平、等价有偿原则的，可以认定为显失公平。”属于可以撤销的民事法律行为。还有一点，你在公司获得的总收入是多少，超过总收入30%，应该可以法律裁定违约金额过高，显失公平。