我同学在企业工作了一年后就向领导提出回去看看父母，领导当即同意了他的请求并准了假。请问员工休年假扣工资吗

不会扣的。根据《职工带薪休假条例》职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。即：职工在休年休假期间的工资、津贴(不含中夜班津贴、保健津贴)、效益工资按正常出勤发放。
《职工带薪年休假条例》第三条 职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天;已满10年不满20年的，年休假10天;已满20年的，年休假15天。国家法定休假日、休息日不计入年休假的假期。
《企业职工带薪年休假实施办法》　第十一条　计算未休年休假工资报酬的日工资收入按照职工本人的月工资除以月计薪天数(21.75天)进行折算。前款所称月工资是指职工在用人单位支付其未休年休假工资报酬前12个月剔除加班工资后的月平均工资。在本用人单位工作时间不满12个月的，按实际月份计算月平均工资。
职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。实行计件工资、提成工资或者其他绩效工资制的职工，日工资收入的计发办法按照本条第一款、第二款的规定执行。