请问父亲有一宅基地证，但有两儿子，现在能不能把宅基地证拆分给儿子每人一宅？

不能，农村宅基地一人只可以有一处。依据宅基地管理办法：第十四条农村村民因继承等原因形成一户拥有二处以上宅基地的，多余的住宅应当转让。受让住宅的村民必须符合申请宅基地的条件，并依照本办法的规定办理宅基地审批手续。农村村民一户拥有二处以上宅基地并且满二年未转让其多余的住宅的，村民委员会可以向乡（镇）土地管理机构提出收回集体土地使用权的申请，经县（市）土地行政主管部门审查、县（市）人民政府批准后收回，统一安排使用。

你和父亲算是一户人家，按照土地法一户一宅，不能在进行分户了。不过历史原因已经造成的，一般都按既成事实操作的。拿补偿是没问题的。