合作社法人变更程序如下:
1、合作社法定代表人签署的《农民专业合作社变更登记申请书》(法定代表人签名);
2、法定代表人签署的《指定代表或者委托代理人的证明》,(委托人签名或盖章)及指定代表或委托代理人身份证复印件(本人签字),应标明具体委托事项、被委托人的权限、委托期限;(经办人为法定代表人的,不提交此证明)
3、成员大会或者成员代表大会做出的变更决议;
4、法定代表人签署的修改后的章程或者章程修正案
5、合作社法定代表人登记表(变更法定代表人姓名须提交)。拟任法定代表人签名的《农民专业合作社法定代表人登记表》以上各项未注明提交复印件的一般均应提交原件;提交文件、证件复印件应当使用A4纸。目前表格在网上还不能下载,可以到当地的工商机关领取。