请问，施工单位印花税是按含税缴，还是扣除增值税缴税

直接减免的增值税需要交所得税。根据《财政部国家税务总局关于财政性资本、行政事业性收费、政府性基金有关公司所得税政策问题的通知》(财税〔2008〕151号)限定，公司获到的来源于政府及其有关部门的财政补贴、补贴、借贷贴息，以及其他各类财政专项资本，包括直接减免的增值税和即征即退、先征后退、先征后返的各种税收(但不包括公司按限定获到的出口退税款)，除隶属国家投资和资本使用后要求返还现值的以外，均应计入公司当年收入总额，计入政府补贴的免征增值税税金应征收公司所得税。