两份合同内容不一致法院应该怎么判

两份合同不一样，根据有效的那一份来进行判决。
1、如果两份合同签订时间有先后顺序，且两份合同均属有效合同，除当事人有特别约定外，前后两份合同对同一内容有不同约定时，基于意思表示最新最近，且不违反合同目的，可根据合同成立的时间先后，以后一合同确定的内容为准。如果前后两份合同所约定的内容并不冲突，只是对合同的内容进行了不同的约定，因此，不能简单地认定后一协议是前一协议的变更，或后一协议是对前一协议的补充和完善。
2、如若签订时间相同的合同，则需要根据双方签订本合同的目的及双方实际履行情况，如能确认双方实际履行的合同，一般以实际履行的合同为准。
当事人可以通过和解或者调解解决合同争议。当事人没有订立仲裁协议或者仲裁协议无效的，可以向人民法院起诉。