怀疑员工窃取商业机密如何处理

建议收集相关证据。刑事诉讼法规定，可以用于证明案件事实的材料，都是证据。侵犯商业秘密罪证据包括：
(一)物证；
(二)书证；
(三)证人证言；
(四)被害人陈述；
(五)犯罪嫌疑人、被告人供述和辩解；
(六)鉴定意见；
(七)勘验、检查、辨认、侦查实验等笔录；
(八)视听资料、电子数据。
《刑法》第二百一十九条
【侵犯商业秘密罪】有下列侵犯商业秘密行为之一，情节严重的，处三年以下有期徒刑，并处或者单处罚金;情节特别严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金：
(一)以盗窃、贿赂、欺诈、胁迫、电子侵入或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密的;
(二)披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密的;
(三)违反保密义务或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密的。
明知前款所列行为，获取、披露、使用或者允许他人使用该商业秘密的，以侵犯商业秘密论。
本条所称权利人，是指商业秘密的所有人和经商业秘密所有人许可的商业秘密使用人。