在被停职的情况下辞职，单位是否应该支付经济补偿

不一定，要区分情况决定。根据劳动法及劳动合同法的相关规定，如果是劳动者主动提出离职的，没有经济补偿。但是，如果是因公司违反劳动合同法第三十八条规定而离职的，可以要求经济补偿。法律依据如下：
《劳动合同法》第四十六条:有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：
（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的。
第三十八条:用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
(一)未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的;
(二)未及时足额支付劳动报酬的;
(三)未依法为劳动者缴纳社会保险费的;
(四)用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的;
(五)因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的;
(六)法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。
用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。