工程合同只签补充协议有效吗

若仅签署了工程合同的补充协议，此种行为实际上并未产生效力。
工程建设领域内，必须严格遵守书面合同的签订要求，而补充协议仅仅作为主合同的补充说明，无法替代主合同本身的地位和作用，因此，仅签署补充协议的做法并不被认可为有效。
通常来说，补充协议不得涉及主合同所约定的核心标的物，亦不可对主合同的内容作出实质性的修改。
若需对主合同进行实质性的修订，则必须满足特定的法律规定条件，如在合同执行过程中的合理变更或者建筑面积等方面的变动，此时便可通过签署补充协议或办理签证手续来实现。
《民法典》第五百一十条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充;不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。