借条超过三年是自动失效吗

不是。诉讼时效指权利人在法定期限内不行使权利，义务人有权利拒绝履行的法律制度。向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。
法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
超过诉讼时效期间，权利人丧失胜诉权。但是，需要说明的是，借条并不是无效了，只是这笔债务变成了自然债（或称不可强制执行之债）；
债务人如果自愿履行，债权人接受完全合法；债务人履行后不得再以超过诉讼时效期间为由，索要所偿还的欠款。
法律依据：
《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。
但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。