农转非是否按土地确权证上的人均面积进行转户

应当以实际面积进行确权登记。至于面积不符的，如何处理，则是另一回事。如果有争议的，参照《农村土地承包法》第五十一条 的规定处理。
一、如果比应分面积少了，集体有机动地的，能补足就补足；
二、如果比应分面积多了，一般不作调整，就以实际面积确权登记；
三、如果集体无法进行调整的，那就不调整，只能维持现状。如果有争议的，参照《农村土地承包法》第五十一条 的规定处理：
1、因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府等调解解决。
2、当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。