员工不配合申请工伤鉴定,公司不可以解除合同,但是依据《工伤保险条例》第四十二条 工伤职工有下列情形之一的,停止享受工伤保险待遇:
(二)拒不接受劳动能力鉴定的,所以,企业可以停止支付该员工的工伤后续期间的工资(医疗期满后的工资),并且要求员工提供劳动,员工在没有提供劳动能力鉴定委员会批复的延长医疗期规定意见结果的,企业可以根据本企业的规章制度,将该员工作为事假或者是旷工处理。至于员工提供的病假单之类的,企业可以依据工伤保险条例有关规定,视同医疗期已满为由,拒绝接受,迫使劳动者必须依法向当地的劳动仲裁部门或者是社保部门提出诉讼请求或者是企业也可以单方面向当地的劳动仲裁部门提出解除劳动关系(后者建议先咨询劳动部门意见结果)