半个月以前我叔叔为了搞项目，所以他连续熬夜加班了一段时间，如今一个月过去了，公司要发放加班的工资，他有点担心，想了解下加班工资是否从绩效工资中支出

加班工资是可以算在绩效工资里的。加班费基数基数按劳动合同规定的工资标准计算。
根据劳动部《工资支付暂行规定》（劳部发【1994】489号）第十三条、《对〈工资支付暂行规定〉有关问题的补充规定》（劳部发[1995]226号）第一条规定，加班费的基数基数“按劳动合同规定的标准”，系指劳动合同规定的劳动者本人所在的岗位（职位）相对应的工资标准。
对于绩效工资是否应当计算加班工资基数，因为各个单位绩效工资的计算办法不同，一般而言，绩效工资是劳动者正常劳动时间收入的组成部分的，应当作为计算基数；反之，则不应作为计算基数。
对此，上海市人力资源和社会保障局《上海市企业工资支付办法》的规定，可作参照： 上海市人力资源和社会保障局 《上海市企业工资支付办法》 沪人社综发〔2016〕29号 九、企业安排劳动者加班的，应当按规定支付加班工资。
劳动者在依法享受婚假、丧假、探亲假、病假等假期期间，企业应当按规定支付假期工资。 加班工资和假期工资的计算基数为劳动者所在岗位相对应的正常出勤月工资。
不包括年终奖，上下班交通补贴、工作餐补贴、住房补贴，中夜班津贴、夏季高温津贴、加班工资等特殊情况下支付的工资。 加班工资和假期工资的计算基数按以下原则确定：
（一）劳动合同对劳动者月工资有明确约定的，按劳动合同约定的劳动者所在岗位相对应的月工资确定；实际履行与劳动合同约定不一致的，按实际履行的劳动者所在岗位相对应的月工资确定。
（二）劳动合同对劳动者月工资未明确约定，集体合同（工资专项集体合同）对岗位相对应的月工资有约定的，按集体合同（工资专项集体合同）约定的与劳动者岗位相对应的月工资确定。
（三）劳动合同、集体合同（工资专项集体合同）对劳动者月工资均无约定的，按劳动者正常出勤月依照本办法第二条规定的工资（不包括加班工资）的70%确定。 加班工资和假期工资的计算基数不得低于本市规定的最低工资标准。法律、法规另有规定的，从其规定。