婚后农村自建房男方不愿办理房产证离婚时如何分割

一、婚后，夫妻的合法的共同财产受法律保护。首先确定该自建房屋是否有合法的相关用地手续，即国土资源部门办理的用地手续；若在当地规划区内的还要有《规划用地许可证》等。
二、只要在具备（一）的基础上，办不办理《房产证》跟夫妻共同财产没有直接利害关系，即不影响夫妻离婚时的共同财产的分割。
三、婚后的夫妻共建的房屋属夫妻的共同财产，离婚时，对其各占一半来进行分割处理。对其分割后，为便于管理使用，折价后并给另外一方。但必须在协议中注明。
四、如果是经审理，按照下达的终审判决执行。