没有主合同的补充协议是否有效需要视情况而定。如果主合同已经实际履行,主合同及补充协议均有效;主合同尚未生效,补充协议内容可独立履行的,补充协议有效;不能独立履行的,效力待定。
根据《合同法》
第三十七条 合同书与合同成立
采用合同书形式订立合同,在签字或者盖章之前,当事人一方已经履行主要义务,对方接受的,该合同成立。
第五十七条 合同解决争议条款的效力
合同无效、被撤销或者终止的,不影响合同中独立存在的有关解决争议方法的条款的效力。
第九十一条 合同消灭的原因
有下列情形之一的,合同的权利义务终止:
(一)债务已经按照约定履行;
(二)合同解除;
(三)债务相互抵销;
(四)债务人依法将标的物提存;
(五)债权人免除债务;
(六)债权债务同归于一人;
(七)法律规定或者当事人约定终止的其他情形。