旷工一天扣三天工资不合法。旷工一天扣三天工资的规定，侵犯了劳动者劳动报酬权，是违法的。《劳动法》第50条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”员工工作一天可获得一天的工资，缺勤一天，公司可不支付当天工资。但公司规定扣3天工资，多扣的两天工资显然是其他正常工作日的工资，这就涉嫌克扣工资了。 从劳动者的基本权利、工资分配原则以及扣减工资的本质上寻找答案。
首先，根据《劳动法》第3条规定，劳动报酬权是劳动者八项基本权利之一。根据《劳动法》第46条关于“工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬”之规定，在劳动者提供劳动义务的前提下，用人单位有义务支付提供劳动义务期间的报酬，而“旷工一天扣3天工资”的规定，是变相剥夺劳动者获得劳动报酬的权利。
其次，这一规定带有经济处分性质，而经济处分在本质上就是罚款。关于罚款的合法性问题，目前的主流观点是不认可罚款合法的。
最后，这一规定也违反了公平原则，劳动者出勤一天只发放一份工资，旷工一天却要扣去三份工资，劳动者不能信服。
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