甲方已经支付了工程款，包括人工工资，乙方小包工头携款跑路，农民工不肯劳动仲裁起诉他，反而问甲方讨要工资，甲方要怎么办

1、很多拖欠工程款的案件是由于违反分包和非法转包造成的，实际施工人在发包人时应当同时将业主（包括开发商、政府、项目所有人）列为共同被告。这样就加大了取得工程款的几率。
2、通过专业的建设工程律师尽快取得生效判决。施工人再遇到拖欠工程款时，往往存在观望和侥幸心理，期待发包人能良心发现，进而错过了最好的诉讼时机。如果没有的生效判决，任何强制措施都是没有法律依据的。只有取得生效判决方能通过采取强制措施。
3、就建设工程主张优先受偿。依法施工人可以在法定的期限内主张就涉案工程优先受偿，而不专业的律师往往不知道或者不会合理使用此条法律规定。