应当合并计算,扣除个人承担的三险一金之后,适用超额累进费率缴纳。《个人所得税法》第二条 下列各项个人所得,应纳个人所得税:一、工资、薪金所得;第三条 个人所得税的税率:一、工资、薪金所得,适用超额累进税率,税率为百分之三至百分之四十五(税率表附后)。第六条 应纳税所得额的计算:一、工资、薪金所得,以每月收入额减除费用三千五百元后的余额,为应纳税所得额。《个人所得税法实施条例》第二十五条 按照国家规定,单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金,从纳税义务人的应纳税所得额中扣除。