工程招投标完成后在公示期间，投标人提出质疑，应该先向代理公司提出吧？由代理公司转交招标人和监管单位吧？

1、中标合同签订主体变更中标后，招标人与中标人已签订了合同，合同已开始履行，现经双方协商一致，乙方(中标人)要变更合同主体，也就是合同主体变为甲和丙，甲是同意的，也就是说合同的主体是可以变更的，但是要经合同另一方的同意。根据合同法，合同的权利义务是可以概括转让的，也就是合同的主体是可以变更的，但是要经合同另一方的同意。但是由于此合同是经招投标程序确定，也就是合同乙方是经此程序选定，如果合同在履行的过程中变更主体，新的合同主体并没有经过招投标程序，有规避招投标之嫌。并且，这样是否有违招投标程序的初衷。
2、中标合同实质性内容变更建设工程施工合同的变更不同于通常意义上的合同变更,《招标投标法》中的招投标完成后变更合同主体禁止对中标合同实质性内容进行变更,应当从合同法并结合建设工程合同履行的特点界定合同实质性内容的含义,区别实质性内容变更与非实质性变更。在中标合同约定范围内因设计变更、自然条件、工程量、签证与索赔等因素依据中标合同约定对标的、数量、价款、履行期限进行变更,未损害其他未中标人的合法权益和社会公共利益,均属非实质性变更。情势变更下应允许对合同实质性条款进行变更。非强制招标项目一旦自愿采用招标方式订立合同,也不得进行合同实质性内容的变更。
二、相关法律条文第三十条【承诺对要约的实质性变更】承诺的内容应当与要约的内容一致。受要约人对要约的内容作出实质性变更的，为新要约。有关合同标的、数量、质量、价款或者报酬、履行期限、履行地点和方式、违约责任和解决争议方法等的变更，是对要约内容的实质性变更。