劳动合同约定加班费基数与公司规章制度不一致

若在合同履行过程中，一方未经另一方同意，擅自改变了合同约定内容而履行的，且另一方不接受该履行行为，那么改变履行的一方属于履行瑕疵或履行错误，需承担违约责任，还需按照合同约定重新履行。
若在合同履行过程中，一方改变合同约定内容而履行，且另一方同意，并接受。这种情况属于合同双方当事人在合同履行过程中改变了合同原约定的内容。属于新的合意，具有法律效力，应当以实际履行为准。
如在劳动合同纠纷中，公司发给劳动者的工资单、岗位变化通知等。因为随着劳动合同的持续履行，劳动合同双方的权利义务本身就必然会不断变化。随着劳动者工作时间的增加，其休假、奖金标准发生的自然变化等等，都属于劳动合同的变更。因此，对于依法变更劳动合同的，只要能够通过文字记载或者其他形式证明的，可以视为“书面变更”，按实际履行为准。