内部审计是内部控制的一部分。内部控制是为了防止或发现并纠正错报而设计和执行的。注册会计师审计是为了对被审计单位财务报表不存在由于舞弊或错误导致的重大错报获取合理保证,在执行审计工作的基础上对财务报表发表审计意见。注册会计师在执行审计时需要考虑与财务报表审计相关的内部控制,但并非对内部控制有效性发表审计意见,这是与内部控制审计的区别。但在注册会计师审计中,需要了解与审计相关的内部控制,如果预期内部控制运行有效,那么需要对其实施控制测试,以减小实质性程序的范围,达到降低审计成本的目的。在注册会计师审计中可能会利用内部审计工作,但是这并不减轻注册会计师对财务报表审计承担的责任。