公司把工资从年终奖里面扣除，是合法的吗

1、如题所述，需要把握几个关键点：劳动法规，劳动合同，公司制度，工会；
2、应发员工工资是否已低于当地法定最低工资；该工资是否有违企业与员工已签订劳动合同中的约定；公司制定的相应薪资制度是否明确了如题所指举措；企业成立工会组织的，该做法是否已提交工会审核经职代会通过；
3、如上列举事项如经确定存在违反规章制度或原则的，一般基本可以初步判断有违法律法规的嫌疑；
4、以上仅供参考，最终判定仍应予结合具体实际情形进行分析确定，在此平台无法确切判定是否存在违法行为。