个人缴纳最低工资是不是可以抵扣最低工资中的部分吗

不可以的。下列各项不算在最低工资标准内：延长工作时间工资（加班和加点工资）；中班、夜班、高温、低温、井下、有毒有害等特殊工作环境、条件下的津贴；法律、法规和国家规定的劳动者福利待遇等。确定和调整月最低工资标准，应参考当地就业者及其赡养人口的最低生活费用、城镇居民消费价格指数、职工个人缴纳的社会保险费和住房公积金、职工平均工资、经济发展水平、就业状况等因素。按照该规定，在最低工资标准中应包括社会保险即养老、医疗、失业保险个人缴费部分和住房公积金个人缴费部分。
《最低工资规定》第十二条在劳动者提供正常劳动的情况下，用人单位应支付给劳动者的工资在剔除下列各项以后，不得低于当地最低工资标准：
（一）延长工作时间工资；
（二）中班、夜班、高温、低温、井下、有毒有害等特殊工作环境、条件下的津贴；
（三）法律、法规和国家规定的劳动者福利待遇等。 实行计件工资或提成工资等工资形式的用人单位，在科学合理的劳动定额基础上，其支付劳动者的工资不得低于相应的最低工资标准。 劳动者由于本人原因造成在法定工作时间内或依法签订的劳动合同约定的工作时间内未提供正常劳动的，不适用于本条规定。