员工在公司上班时支付员工的劳动纠纷赔偿款，应该计入什么科目

企业为职工代扣代缴的个人所得税部分应计入管理费用会计科目。
管理费用包括：
1、公司经费
总部管理人员工资、职工福利费、差旅费、办公费、董事会会费、折旧费、修理费、物料消耗、低值易耗品摊销及其他公司经费；
2、劳动保险费
指离退休职工的退休金、价格补贴、医药费（包括离退休人员参加医疗保险基金）、异地安家费、职工退职金、职工死亡丧葬补助费、抚恤费、按规定支付给离休干部的各项经费以及实行社会统筹基金；待业保险费指企业按照国家规定缴纳的待业保险基金；
3、董事会会费
是指企业最高权力机构及其成员为执行职能而发生的各项费用，包括差旅费、会议费等。
4、其它费用
企业发生与生产、经营直接有关的业务招待费，纳税人能提供真实有效凭证或资料，在下列限度内准予作为费用列支.
因此企业为职工代扣代缴的个人所得税部分应计入管理费用会计科目。