公司按天数缺勤为由少发工资

不合法，实际上班按全勤处理是不合法的，打卡是公司的管理制度，如果有其他处罚则属于企业内部问题，只要不违法就应当尊重，但是，上了班视为旷工的制度超出了企业自治的范围，所以不合法。劳动者付出劳动就有获得报酬的权利。这是劳动法的基本原则。

出勤天数是不包括在休息天的，一般只包括实际的工作时间；如果在正常的工作日没有出勤的话，那么用人单位就是理由扣除当天的工资；但同样如果在休息天工作的话，那么也会支付相应的加班工资。

根据《劳动法》和《职工带薪年休假条例》的规定，我国职工可以享受年休假、病假、短期伤残、婚假、产假、丧假和探亲假等休假权利，企业在职工法定缺勤期间，应给予职工一定的缺勤补偿。

请并进的情境是不能够算实际的出勤天数的，但是请病假的期间也是拥有病假工资的，按照相关的规定来计算病假期间的工资。病假期间的工资是可以低于当地的最低薪资标准的，是不能够低于最低薪资标准的80%。

缺勤扣加班工资是否可以，是要根据劳动合同中的约定，以及用人单位的规章制度等来确定的。在我国的劳动法律法规中，其实是并没有对缺勤扣除工资的事项作出明确的规定的，像这种事项一般都是由用人单位的规章制度确定的。