请问请假扣薪资，是按照工作日计算还是自然日计算

结论:按工作日算。
解析:
按工作日算。
计算日工资、加班费、请假扣款等需要用到工资基数时，都是按工作日计算。
用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
法律依据:
《中华人民共和国劳动法》
第三十六条国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。