被挂靠公司侵占工程款怎么办

可以起诉。
侵占罪是自诉案件，意思是必须要你自己到法院去起诉，如果你有证据，对方不但要归还侵占你的财产，还要赔偿你的损失，还可以判处二年以下有期徒刑。
根据《中华人民共和国合伙企业法》中第二章第八条之规定：“设立合伙企业，应当具备下列条件：
(一)有二个以上合伙人，并且都是依法承担无限责任者;
(二)有书面合伙协议;
(三)有各合伙人实际缴付的出资;
(四)有合伙企业的名称;
(五)有经营场所和从事合伙经营的必要条件。”
第九条规定：“合伙人应当为具有完全民事行为能力的人。”
第十条规定：“法律、行政法规禁止从事营利性活动的人，不得成为合伙企业的合伙人。”
第十一条规定：“合伙人可以用货币、实物、土地使用权、知识产权或者其他财产权利出资;上述出资应当是合伙人的合法财产及财产权利。对货币以外的出资需要评估作价的，可以由全体合伙人协商确定，也可以由全体合伙人委托法定评估机构进行评估。经全体合伙人协商一致，合伙人也可以用劳务出资，其评估办法由全体合伙人协商确定。”