员工绩效是不能扣基本工资的，绩效工资是通过考核员工进行分配的工资，一般包括指标完成、质量考核、安全考核等各方面，应该是奖金部分，不应该与基本工资挂钩。
1、劳动合同中关于绩效工资的约定。
绩效能不能扣除，首要的关键在于劳动合同中是否约定绩效工资。如果公司在与劳动者签订劳动合同时约定了具体的绩效工资标准，那么公司通过绩效考核来扣除绩效工资是合理合法的，如果合同中没有约定，那怎么扣都是违法的。
2、工资中扣除绩效工资后，是否低于当地最低工资标准。
公司如果在劳动合同中约定了绩效工资，那么我们需要审视工资中抛开绩效工资的部分，是否高于当地最低工资标准，如果低于明显是不合理的，这种情况可以直接到当地劳动局进行申诉，无论如何最低工资标准必须是最低的底线。
3、公司有没有公示的员工签字确认的绩效管理制度。
员工对公司的绩效管理制度享有知情权，如果员工不知道公司的绩效考核扣除工资制度，公司也是不能予以执行的。公司的绩效管理制度有没有在内部进行公开，是不是执行透明，员工有没有签字确认，知悉并认可，这都是能否扣除绩效工资的关键，如果没有经过公示的制度被执行，那一定是不合规的。
4、扣除绩效工资双方有无协商一致签字确认。
绩效考核一个完整的闭环是，绩效目标制定、执行、考核和面谈，在这一整套执行中如果公司要扣除绩效工资的话，有没有提前告知绩效未达标的原因，以及需要有哪些绩效改进计划，对于绩效工资的扣除双方有无一致的签字确认意见，如果没有那么公司也将无权扣除。
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