员工恶意毁坏公司资料应该如何处理

公司的资料是企业经营者的重要经营信息、商业秘密和无形资产，员工故意毁坏公司资料是破坏生产经营的行为，如果造成较重大损失或者其他严重后果，可以按破坏生产经营罪追究刑事责任。
《刑法》第二百七十六条规定，由于泄愤报复或者其他个人目的，毁坏机器设备、残害耕畜或者以其他方法破坏生产经营的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。
《最高人民检察院关于公安机构管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》第三十四条规定了破坏生产经营罪的应予立案标准：
第（一）造成公私财物损失五千元以上的；
第（二）破坏生产经营三次以上的；
第（三）纠集三人以上公然破坏生产经营的；
第（四）其他破坏生产经营应予追究刑事责任的情形。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》第二百七十六条
【拒不支付劳动报酬罪】 以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬或者有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬，数额较大，有关部门责令支付仍不支付的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金;造成严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。