企业扣除部分工资作为年终奖发放合法吗？

结论：企业扣除劳动者的部分工资来作为年终奖发放的，不合法。
解析：
企业扣除劳动者的部分工资来作为年终奖发放的，不合法。工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。用人单位克扣工资的，由劳动行政部门责令限期支付；逾期不支付的加付赔偿金。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条
用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（三）安排加班不支付加班费的；
（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。