公司是依据员工在自己的公司工作时间进行休年假吗？

结论：是的。
解析：
公司是可以依据员工在自己的公司工作时间进行休年假的。
法律依据：
《职工带薪年休假条例》第二条的规定，机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
第三条的规定，职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；
已满10年不满20年的，年休假10天；
已满20年的，年休假15天。
国家法定休假日、休息日不计入年休假的假期。