公交公司扣款制度合法吗

解析：
作为一家企业而非政府机构，该公司并无权力实施惩处员工的行为。
在公车驾驶员的事务中，公交公司以全额工资为“处罚令”，实则是违反了相关法律法规。
若是驾驶员出现违规驾驶的情况，公司有权依据规章制度采取适当措施，譬如公开通告及精神处理等方式，或者是可能导致两者之间合同效力终止。
然而，在除此之外的情形下，即除劳动者因疏忽或不当操作致使用人单位蒙受经济上的损失者，用人单位原则上不应对员工进行薪资扣减作为惩罚形式。
即使确有必要，每月所扣除的罚金亦应符合最大限额不得超过员工工资总额20％的规定。
法律依据：
《中华人民共和国行政处罚法》第十五条
行政处罚由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施。
《中华人民共和国工资支付暂行规定》第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。