公司通过微信转账发工资这种行为合法吗

解析：
经过用人单位与劳动者双方共同商议决定，采用微信支付方式发放薪资符合法律规定。
电子数据作为有效的证据类别之一，在劳动争议案件发生后可被视为有利的证明材料，然而这仍需得到腾讯公司的支持与协助，并且在现阶段我国尚未制定出明确的电子证据确认规范以及专属的电子证据鉴定机构。
法律依据：
《中华人民共和国劳动法》第五十条
工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。
不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《劳动争议调解仲裁法》第三十九条
当事人提供的证据经查证属实的，仲裁庭应当将其作为认定事实的根据。
劳动者无法提供由用人单位掌握管理的与仲裁请求有关的证据，仲裁庭可以要求用人单位在指定期限内提供。
用人单位在指定期限内不提供的，应当承担不利后果。