用人单位只缴纳了工伤保险合法吗

解析：
在双方建立起劳动关系之后，无论是用人单位还是劳动者个人，都应按照规定履行相关义务，参加社会保险。
而若是单位仅为员工缴纳工伤保险这一项，明显违反了《中华人民共和国劳动法》的相关条款。
针对此情况，当事人有权选择与用人单位进行友好协商以寻求合理解决方案；
若协商无果，可依法向当地的劳动监察大队提出申诉并申请劳动仲裁，通过法律手段维护自身合法权益。
法律依据：
《中华人民共和国劳动法》第七十二条
社会保险基金按照保险类型确定资金来源，逐步实行社会统筹。用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。